Von 29. Juli 1934 bis 14. Mai 1936 war er Staatssekretär im Bundesministerium für Unterricht, von 14. Mai 1936 bis 11. März 1938 Bundesminister für Unterricht. Als Staatssekretär unterzeichnete Pernter ein mit Benito Mussolini am 2. Februar 1935 im Palazzo Venezia in Rom geschlossenes österreichisch-italienisches Kulturabkommen. Nach dem „Anschluss“ Österreichs wurde Pernter am 24. Mai 1938 in das KZ Dachau verschleppt und später vorübergehend in das KZ Flossenbürg verlegt. Im Oktober 1940 entlassen, hatte er Kontakt zu Kreisen des österreichischen Widerstands gegen den Nationalsozialismus. Nach dem missglückten Attentat vom 20. Juli 1944 wurde er von der Gestapo verhaftet und ins KZ Mauthausen gebracht. Im Jänner 1945 wurde er nach Wien verlegt, um vom Volksgerichtshof abgeurteilt zu werden. Am 6. April 1945, kurz vor der Befreiung Wiens durch die Rote Armee, wurde er überraschend entlassen. Am 17. April 1945 war Pernter einer der Mitbegründer der ÖVP im Wiener Schottenstift, deren geschäftsführender Parteiobmann er wurde.
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